2006年是实施上海市第三轮（2006年～2008年）环保三年行动计划的第一年。水环境治理范围从中心城区向郊区延伸，治理重点向郊区转移。在市委、市政府的领导下，在各级水务部门的共同努力下，第三轮水环境治理工作实现良好开局。到年底，上海市污水治理三期总管和竹园第二污水处理厂主体工程基本建成；郊区完成新建扩建污水厂6座，新增污水处理能力16.9万立方米/日；新增一、二级污水管网400余公里，全市城镇污水处理规模达到487.9万立方米/日。近郊六镇共完成了10条53公里黑臭河道的整治；远郊23条94公里骨干河道整治有序推进；在郊区“万河整治行动”中，共有5031条段总长4816公里镇村级河道得到整治。
2月7日　苏州河整治三期工程正式启动。苏州河整治三期工程包括苏州河市区段底泥疏浚和防汛墙改建工程、苏州河水系截污治污工程、青浦华新和白鹤污水处理厂配套管网工程、长宁区环卫码头搬迁工程和苏州河综合监控管理工程等5大工程，总投资约31.4亿元。